基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测

doi:10.3969/j.issn.1007130X.2010.

J4 ›› 2010, Vol. 32 ›› Issue (9): 148-151.doi: 10.3969/j.issn.1007130X.2010.

基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测

杨乌日吐1，林昊2

（1.内蒙古大学研究生工作部，内蒙古呼和浩特 010021；2.电子科技大学生命科学与技术学院，四川成都 610054）

收稿日期:2010-03-13 修回日期:2010-06-10 出版日期:2010-09-02 发布日期:2010-09-02
作者简介:杨乌日吐(1981),男,辽宁阜新人，博士，讲师，研究方向为生物信息学；林昊,博士,副教授,研究方向为生物信息学。
基金资助:
内蒙古大学青年科学基金资助项目（ND0810）；电子科技大学科研启动费资助项目

Prediction of the E.coliK12 Promoter Based on MultiFeature Selection

YANG Wuritu1，LIN Hao2

(1.Graduate Affairs Department,Inner Mongolia University,Hohhot 010021;2.School of Life Science and Technology,University of Electronic Science and Technology of China,Chengdu 610054,China)

Received:2010-03-13 Revised:2010-06-10 Online:2010-09-02 Published:2010-09-02

摘要/Abstract

摘要：

本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先，基于RNA聚合酶与DNA的相互作用，利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量；然后，根据启动子的序列特征，利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量；最后，利用多元非线性判别分析实现了对大肠杆菌启动子的预测。10折叠交叉检验结果显示，总体预测精度达到85%以上。与其它算法比较结果显示，我们开发的这一算法能够更好地预测大肠杆菌启动子。

关键词: 大肠杆菌启动子, 位置关联打分函数, 多样性指标, 修正的马氏判别式

Abstract:

According to the known knowledge of 741 experimentally confirmed Sigma70 promoters, the promoters are predicted. At first, based on the interaction between RNAp and DNA elements, the positioncorrelationscorefunction (PCSF) algorithm is used to measure the conservative sits in promoter sequences. Subsequently, according to the characteristics of promoters, a diversity index is applied to measure the information content in different regions. Finally, the modified Mahalanobis Discriminant is proposed to perform prediction. The overall accuracies of 10fold crossvalidation of 85%+ are achieved. By comparing with other methods, it is shown that the proposed method can recognize the Escherichia coli promoters with high accuracy.

Key words: E.coli promoter;position correlation score function;diversity index;modified mahalanobis discriminant

杨乌日吐1，林昊2. 基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测[J]. J4, 2010, 32(9): 148-151.

YANG Wuritu1，LIN Hao2. Prediction of the E.coliK12 Promoter Based on MultiFeature Selection[J]. J4, 2010, 32(9): 148-151.

基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测

Prediction of the E.coliK12 Promoter Based on MultiFeature Selection

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