“天河一号”在生命科学研究中的应用

J4 ›› 2012, Vol. 34 ›› Issue (8): 171-175.

“天河一号”在生命科学研究中的应用

菅晓东1,李扬1,冯景华1,孟祥飞1,朱小谦1，2

(1.国家超级计算天津中心,天津 300457;2.国防科学技术大学计算机学院,湖南长沙 410073)

收稿日期:2012-04-28 修回日期:2012-06-11 出版日期:2012-08-25 发布日期:2012-08-25
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（61070041）

Application of the TH1A Supercomputer in Life Science

JIAN Xiaodong1,LI Yang1,FENG Jinghua1,MENG Xiangfei1,ZHU Xiaoqian1,2

(1.National Supercomputer Center in Tianjin,Tianjin 300457;
2.School of Computer Science,National University of Defense Technology,Changsha 410073,China)

Received:2012-04-28 Revised:2012-06-11 Online:2012-08-25 Published:2012-08-25

摘要/Abstract

摘要：

本文首先对高性能计算和“天河一号”超级计算机进行了简要概述。随后详细描述了高性能计算在生命科学领域中的两大重要应用：一个是生物大分子的动力学模拟，介绍用户在“天河一号”取得的一些应用成果和进行的应用性能测试；另一个是生物信息学研究，重点介绍了华大基因在基于“天河一号”开展的GPU并行软件测试取得的良好结果。最后展望了高性能计算在生命科学领域中的发展趋势。

关键词: 高性能计算, 天河一号, 分子动力学, 生物信息学

Abstract:

In this paper,the high performance computing and the TH1A supercomputer are introduced.Then this paper provides two important applications with highperformance computing in the field of life science:one is the molecular dynamics simulation,discussing application performance testing and the important application results in the TH1A;the other is bioinformatics research,introducing good results of the GPU parallel software testing on the TH1A carried out by BGI.Finally,the development trend of highperformance computing in life science is discussed in this paper.

Key words: high performance computing;TH1A;molecular dynamics;bioinformatics

菅晓东1,李扬1,冯景华1,孟祥飞1,朱小谦1，2. “天河一号”在生命科学研究中的应用[J]. J4, 2012, 34(8): 171-175.

JIAN Xiaodong1,LI Yang1,FENG Jinghua1,MENG Xiangfei1,ZHU Xiaoqian1,2. Application of the TH1A Supercomputer in Life Science[J]. J4, 2012, 34(8): 171-175.

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