“天河一号”在生命科学研究中的应用

J4 ›› 2012, Vol. 34 ›› Issue (8): 171-175.

“天河一号”在生命科学研究中的应用

菅晓东1,李扬1,冯景华1,孟祥飞1,朱小谦1，2

(1.国家超级计算天津中心,天津 300457;2.国防科学技术大学计算机学院,湖南长沙 410073)

收稿日期:2012-04-28 修回日期:2012-06-11 出版日期:2012-08-25 发布日期:2012-08-25
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（61070041）

Application of the TH1A Supercomputer in Life Science

JIAN Xiaodong1,LI Yang1,FENG Jinghua1,MENG Xiangfei1,ZHU Xiaoqian1,2

(1.National Supercomputer Center in Tianjin,Tianjin 300457;
2.School of Computer Science,National University of Defense Technology,Changsha 410073,China)

Received:2012-04-28 Revised:2012-06-11 Online:2012-08-25 Published:2012-08-25

摘要/Abstract

摘要：

本文首先对高性能计算和“天河一号”超级计算机进行了简要概述。随后详细描述了高性能计算在生命科学领域中的两大重要应用：一个是生物大分子的动力学模拟，介绍用户在“天河一号”取得的一些应用成果和进行的应用性能测试；另一个是生物信息学研究，重点介绍了华大基因在基于“天河一号”开展的GPU并行软件测试取得的良好结果。最后展望了高性能计算在生命科学领域中的发展趋势。

关键词: 高性能计算, 天河一号, 分子动力学, 生物信息学

Abstract:

In this paper,the high performance computing and the TH1A supercomputer are introduced.Then this paper provides two important applications with highperformance computing in the field of life science:one is the molecular dynamics simulation,discussing application performance testing and the important application results in the TH1A;the other is bioinformatics research,introducing good results of the GPU parallel software testing on the TH1A carried out by BGI.Finally,the development trend of highperformance computing in life science is discussed in this paper.

Key words: high performance computing;TH1A;molecular dynamics;bioinformatics

菅晓东1,李扬1,冯景华1,孟祥飞1,朱小谦1，2. “天河一号”在生命科学研究中的应用[J]. J4, 2012, 34(8): 171-175.

JIAN Xiaodong1,LI Yang1,FENG Jinghua1,MENG Xiangfei1,ZHU Xiaoqian1,2. Application of the TH1A Supercomputer in Life Science[J]. J4, 2012, 34(8): 171-175.

[1]	张云泉, 邓力, 袁良, 袁国兴. 2024年中国高性能计算机发展现状分析[J]. 计算机工程与科学, 2024, 46(12): 2091-2098.
[2]	傅游, 韩昊, 孙月娇, 梁建国, 叶雨曦, 花嵘. 基于OpenMP的硅晶体分子动力学模拟的空间分解着色及向量化研究#br#[J]. 计算机工程与科学, 2024, 46(09): 1566-1575.
[3]	李沛桢, 张洋, 陈文波. 基于DPCT的序列比对软件迁移与性能评估[J]. 计算机工程与科学, 2024, 46(08): 1372-1380.
[4]	孙岩, 张建民, 黎渊, 孙舜禹. 面向高性能计算的互连网络拥塞控制分析与评估[J]. 计算机工程与科学, 2024, 46(02): 209-216.
[5]	张云泉, 邓力, 袁良, 袁国兴. 2023年中国高性能计算机发展现状分析[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(12): 2091-2098.
[6]	施得君, 李宏亮, 胡舒凯. 基于Clos网络的高阶路由器结构[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(12): 2099-2112.
[7]	张天阳, 池成悦, 郭武, 高亦沁, 文敏华, 韦建文. 校级异地超算集群管理的关键技术研究与实践[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(12): 2135-2145.
[8]	肖调杰, 周峰, 郑翾宇, 刘剑, 陈琳, 刘杰, 易明宽, 陈旭光, 龚春叶, 杨博, 甘新标, 李胜国, 左克, . 大规模三维频率域电磁积分方程法数值模拟[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(11): 1901-1910.
[9]	朱文龙, 江嘉治, 黄聃, 肖侬. ParM:基于国产处理器的异构并行编程模型[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(09): 1521-1531.
[10]	吴铁彬, 过锋, 王谛. 面向E级计算的高性能处理器核心运算架构研究进展[J]. 计算机工程与科学, 2023, 45(05): 761-771.
[11]	陈奉贤. 基于NR-Transformer的集群作业运行时间预测[J]. 计算机工程与科学, 2022, 44(07): 1181-1190.
[12]	曹继军. 面向HPC和DC的可重构光互连网络体系结构综述[J]. 计算机工程与科学, 2022, 44(06): 951-963.
[13]	袁国兴, 张云泉, 袁良. 2021年中国高性能计算机发展现状分析[J]. 计算机工程与科学, 2021, 43(12): 2091-2097.
[14]	张驭洲, 曹武迪, 卜景德, 谭光明, 吉青. GROMACS 2020在ROCm平台上的移植与优化[J]. 计算机工程与科学, 2021, 43(11): 1901-1909.
[15]	袁远, 李世杰, 邢建英, 蒋句平. E级高性能计算机系统中监控分系统的挑战与设计[J]. 计算机工程与科学, 2021, 43(08): 1366-1375.